2025년 양도소득세, 무엇이 바뀌었을까요? 올해는 주택·토지 등 부동산 양도세와 주식 양도소득세(대주주) 모두에 굵직한 변화가 있습니다. 특히 1세대 1주택 비과세 판정 시점 예외 신설, 다주택 중과 한시 배제 연장, 임대주택 관련 비과세 요건 정비, 그리고 주식 대주주 기준의 환원(10억원)이 핵심입니다. 아래에서 꼭 알아둘 변화만 추려, 적용 시기와 함께 한눈에 정리했습니다. (각 항목 말미에 공식 자료 링크를 덧붙였습니다.)
핵심 요약
- 부동산: ① 주택→비주택 용도변경 거래의 1주택 판정 시점에 매매계약일을 예외로 인정(’25.2.28. 이후 계약분), ② 장기임대주택 보유자의 거주주택 비과세 횟수 제한 완화 및 단기민간임대주택 포함, ③ 다주택 중과 한시 배제를 ’26.5.9.까지 연장(+ 일부 임대주택은 중과 제외), ④ 여러 양도세 감면·특례의 적용기한 연장.
- 주식: 상장주식 대주주 과세기준의 보유금액 50억원→10억원 환원(지분율 요건은 현행 유지), 시행령 시행 이후 양도분부터 적용.
1) 부동산 양도소득세, 2025년 달라진 점 상세
① 주택→상가 등 ‘용도변경 거래’의 1주택 판정 시점 예외 신설
그동안 1세대 1주택 비과세 및 장기보유특별공제를 적용할 때 1주택 여부는 ‘양도일’ 기준으로 판정했습니다. 2025년부터는 매매계약에 따라 주택을 상가 등 비주택으로 변경한 거래에 한해, 1주택 여부 판단 시점을 ‘매매계약일’로 인정하는 예외가 신설되었습니다. 적용 시기: ’25.2.28. 이후 매매계약을 체결해 양도하는 분부터. 국세청 ‘양도소득세 안내’(2025 시행령 개정)
② 장기임대주택 보유자의 ‘거주주택 비과세’ 횟수 제한 완화 + 단기민간임대주택 포함
기존에는 장기임대주택을 보유한 경우 거주주택 비과세를 사실상 생애 1회로 좁게 인정했습니다. 2025년부터는 횟수 제한 없이 요건을 충족하면 거주주택 비과세를 적용할 수 있도록 완화되었습니다. 또한 단기민간임대주택(아파트 제외)이 요건을 충족하면 해당 제도 적용 범위에 추가됩니다. 적용 시기: ’25.2.28. 이후 양도분. 국세청 안내
③ ‘임대주택→거주주택 전환’ 후 양도 시 비과세 합리화
장기임대주택을 거주주택으로 전환한 뒤 양도하는 경우, 2년 이상 거주했다면 직전 거주주택을 양도한 이후의 양도차익분에 대해 비과세를 인정하도록 명확화되었습니다(다른 경우는 과세). 적용 시기: ’25.2.28. 이후 양도분. 국세청 안내
④ 다주택자 ‘중과’ 한시 배제 1년 연장 + 임대주택 일부는 중과 제외
조정대상지역 내 주택을 양도하는 다주택자 중과(기본세율+10~20%p) 적용을 한시적으로 배제하는 조치가 기존 ’25.5.9. → ’26.5.9.까지 1년 연장되었습니다. 또한 단기민간임대주택(아파트 제외)을 중과 배제 대상에 추가하고, 건설형 장기민간임대주택의 공시가격 상한을 6억→9억원으로 상향하는 등 요건을 손봤습니다. 손택스 모의계산 안내(중과 배제 기한 명시) · 국세청 안내
⑤ 개발제한구역·축사용지·어업용 토지 등 양도세 감면·특례 적용기한 다수 연장
개발제한구역 토지·건물 협의매수 양도 감면, 축사용지·어업용 토지 양도 감면, 중소기업 공장이전 과세특례, 농어촌주택 등 취득 시 일반주택 비과세 특례 요건 합리화 및 적용기한 연장 등 다수의 특례가 2025년 개편안에 반영되었습니다(개별 항목별로 ’28.12.31. 등으로 연장). 세부 요건은 항목별로 상이하니 거래 전에 해당 특례 조문을 반드시 확인하세요. Samil PwC 정리본(PDF)
변경 사항 비교표
| 항목 | 종전 | 2025년 이후 |
|---|---|---|
| 용도변경(주택→비주택) 거래의 1주택 판정 시점 | 원칙적으로 양도일 기준 | 매매계약일을 예외 인정(’25.2.28. 이후 계약·양도분) |
| 장기임대주택 보유자의 ‘거주주택 비과세’ 횟수 | 사실상 생애 1회 | 횟수 제한 완화(요건 충족 시 반복 적용 가능) |
| 임대주택 범위 | 장기민간임대주택 중심 | 단기민간임대주택(아파트 제외) 추가 |
| 다주택자 중과 한시 배제 | ’25.5.9.까지 | ’26.5.9.까지 연장, 일부 임대주택 중과 제외 |
| 건설형 장기민간임대 공시가격 상한 | 6억원 | 9억원 |
출처: 국세청 ‘양도소득세 안내’(2025 시행령 개정), Samil PwC 2025 세제개편안 정리
2) 주식 ‘양도소득세(대주주)’ 기준, 2025년 어떻게 바뀌나
2025년 세제개편안에는 상장주식 대주주 과세기준 환원이 포함되었습니다. 보유금액 요건이 50억원 → 10억원으로 낮아지고, 지분율 요건(코스피 1%, 코스닥 2%, 코넥스 4%)은 현행 유지됩니다. 시행령 시행 이후 양도하는 분부터 적용됩니다. (아울러 증권거래세 탄력세율도 환원: 코스닥 0.20% 등) 보다 구체적인 수치와 적용시기는 입법 과정에서 확정되므로 거래 전 반드시 최신 공고를 확인하세요. 기획재정부 ‘2025년 세제개편안’ · Samil PwC 요약(PDF)
3) 신고·납부 체크포인트(기본 규정 재점검)
- 부동산 양도세 예정신고·납부기한: 양도일이 속하는 달의 말일부터 2개월 이내. 기한을 넘기면 무신고가산세·납부지연가산세 부담이 큽니다. 국세청
- 1세대 1주택 고가주택: 양도 당시 실지거래가액이 12억원 초과면 초과분에만 과세(비과세 아님). 국세청 고가주택 계산 규정
- 모의계산 도구: 국세청(홈택스/손택스)에서 양도세 자동계산·자가진단 제공. 단, 특례·중과 배제 여부, 장특공제 등 요건 판단은 복잡할 수 있으니 중요 거래는 전문가 검토 권장. 홈택스 모의계산 / 손택스 간편모의계산
4) 실무에서 자주 혼동하는 포인트
- 계약일 vs 양도일: 일반적으로 양도일(대금청산일 등)이 기준이지만, 주택→비주택 용도변경 거래 예외는 계약일을 기준으로 1주택 판정이 가능해졌습니다(’25.2.28. 이후 계약·양도). 관련 증빙(계약서, 용도변경 사실 등)을 꼼꼼히 보관하세요. 국세청
- 다주택 중과 배제 기한: ’26.5.9.까지 한시 배제가 연장되었습니다. 처분 일정이 있는 다주택자는 기한 관리가 중요합니다. 손택스(중과 배제 문구 확인)
- 임대주택 범위: 2025년부터 단기민간임대주택(아파트 제외)도 일부 제도에 포함됩니다. 임대 유형·등록 시점·공시가격 등 세부 요건을 확인하세요. 국세청
5) 적용 사례 간단 예시
- 용도변경 거래: A씨는 2025.3.10.에 주택을 매수자와 계약하고, 매수자 요청으로 준공 전 상가로 용도변경 후 양도. 이 경우 1주택 판정 시점을 계약일로 봐 비과세 판정에 유리할 수 있습니다(요건 충족 전제). 국세청
- 다주택 처분: B씨(3주택자)는 2026.4.30.에 조정대상지역 주택을 양도 예정. 한시적 중과 배제 기간 내에 양도하면 중과세(기본세율+20%p)를 피할 수 있습니다. 손택스
- 주식 대주주: C씨는 특정 코스닥 종목을 12억원 보유(지분 1.5%). 시행령 시행 후 양도한다면 보유금액 10억원 초과에 해당해 대주주로 과세될 수 있습니다. Samil PwC
6) 자주 묻는 질문(FAQ)
Q. 1세대 1주택 고가주택(12억원 초과)의 ‘12억원’은 그대로인가요?
네. 고가주택 과세 기준 12억원은 유지됩니다. 초과분 양도차익에 대해서만 과세합니다. 국세청
Q. 다주택 중과 배제 연장, 꼭 ’26.5.9. 이전에 잔금까지 마쳐야 하나요?
일반적으로 양도일(대금청산일 등)이 기준입니다. 기한을 넘기면 중과가 다시 적용될 수 있어 잔금일 관리가 중요합니다. 국세청
Q. 주식 대주주 기준 10억원 환원은 언제부터 적용되나요?
시행령 시행 이후 양도분부터 적용됩니다. 실제 시행일·세부는 최종 공포에 따르며, 거래 전 최신 고시를 확인하세요. 기재부 정책 페이지 · Samil PwC
7) 실전 준비 체크리스트
- 거래 전: 본인 상황(주택 수, 보유·거주기간, 임대주택 등록 유형, 조정대상지역 여부) 점검 → 비과세/중과/특례 해당 여부 체크.
- 계약·잔금 일정: 한시 규정(’26.5.9.)과 시행 시점(’25.2.28. 등)을 역산해 일정 설계.
- 증빙: 용도변경 사실, 임대사업자 등록·임대료 증빙, 공시가격, 거주·보유기간, 계약·잔금일 등 증빙자료를 체계적으로 정리.
- 모의계산: 홈택스/손택스로 1차 점검 후, 금액이 크거나 규정이 복합이면 세무전문가 확인.
참고·출처
- 국세청: 양도소득세 안내(2025년 소득세법 시행령 주요 개정)
- 기획재정부: 2025년 세제개편안(한눈에 보는 정책)
- Samil PwC: 2025년 세제개편안 Tax News Flash (PDF)
- 홈택스: 양도소득세 자동계산·비과세·중과 자가진단
- 손택스: 양도세 간편 모의계산(중과 배제 기한 표기)
- 국세청: 1세대 1주택 고가주택(12억원) 계산 규정
본 글은 2025년 8월 공개된 정부·유관기관 자료를 토대로 요약했습니다. 개별 사례 적용 전 최신 법령·시행령·시행규칙의 변동 여부를 재확인하세요.
